Do chủ yếu được làm từ sợi gỗ, bọt xốp cellulose có thể trở thành nơi cư ngụ của nhiều loại vi khuẩn hoặc nấm có hại, đặc biệt là trong điều kiện ẩm ướt sau khi được sử dụng.[15]

Ngày nay, nhiều phương pháp được sử dụng để làm sạch bọt biển. Các nghiên cứu đã thử nghiệm việc sử dụng lò vi sóng đối với việc diệt khuẩn loại bọt biển phi kim loại còn ẩm nước. Một nghiên cứu năm 2006 cho thấy bọt biển ướt trong lò vi sóng trong hai phút (với công suất 1000 watt) đã giết chết 99% chỉ số Coliform thể thực khuẩn như E. coli và MS2 nhưng bào tử Bacillus cereus cần ít nhất 4 phút.[16] Sau một số vụ cháy nhà do những người thử làm theo cách thức này tại nhà, tác giả của nghiên cứu kêu gọi mọi người phải đảm bảo bọt biển phải đủ ẩm khi cho vào lò vi sóng.[17] Một nghiên cứu năm 2009 cho thấy lò vi sóng và máy rửa chén đều là những công cụ hiệu quả để làm sạch miếng bọt biển trong gia đình.[16]